Il est crucial pour la pérennité du sanctuaire de Sainte Marie de Madagascar, que seuls les opérateurs écotouristiques accrédités soient autoriser à pratiquer les safaris d’observation des baleines en mer. Ceci afin d'éviter que les baleines ne soient dérangées et fuient l'aire de reproduction, de naissance et d'éducation qu'est Sainte Marie.

Les opérateurs accrédités respectent des règles de bonne conduite et savent établir un contact progressif et le plus pacifique possible avec les cétacés.
Mode d'approche des baleines
• La distance d'observation minimale est de 100 m pour un groupe de 1 à 3 baleines adultes et de 200 m pour une mère et un baleineau ou un groupe de plus de 4 baleines.

• Lorsque des baleines sont repérées, il ne faut pas naviguer à vitesse maximum dans leur direction. Il convient plutôt de réduire progressivement la vitesse à 5 noeuds dans la zone d’approche des 800 m jusqu'à la zone d'observation des 300 m.

• Il est important de limiter dans le temps l’observation d’un même groupe de baleines, après 30 à 60 mn d'observation, il convient de quitter le groupe. De la même manière, il ne faut pas fréquenter les mêmes sites d'observation. Un planning d'observation sera établi par le commandant du bateau.

• Pendant ou à la fin d'une période d'observation, il faut garder le moteur au neutre ou coupé tant que les baleines sont à moins de 300m.

• Il ne faut jamais couper la route de baleines en mouvement. L'approche doit se faire par le 3/4 arrière et la navigation doit s'effectuer sur un cap parallèle à celui d'un groupe de cétacés afin de rester dans le champ visuel des animaux et réduire ainsi le stress qui leur est occasionné.

• Il ne faut pas s'engager dans une zone d'observation ou plus de 2 bateaux sont présents. Lorsque plusieurs bateaux sont présents, il ne faut pas qu'ils encerclent les animaux.

• Il ne faut pas placer le bateau au milieu d'un groupe de baleines.

• Il faut éviter les changements brusques de direction du bateau et de régime du moteur à l'approche et dans la zone des 300 m.

• Il ne faut jamais séparer une baleine de son baleineau en passant ou s’arrêtant entre les deux.

• Pour des questions de sécurité évidentes, il ne faut pas s’approcher trop près d’un groupe en train de sauter.